Как правильно организовать бухгалтерский и налоговый учет по Контракту на выполнение проектно-изыскательских работ для строительства с украинским контрагентом?

Бухгалтерский учет

Стоимость разработки проектной документации в бухгалтерском  учете организации- заказчика работ будет  являться  прямым расходом и будет формировать производственную себестоимость по конкретному объекту производства работ (счет 20).
Бухгалтерский учет  хозяйственных операций по данному контракту будет следующим:
Дт 20 /Кт 60- приняты  к учету проектно-изыскательские работы;
Дт 19/Кт 60- выделен НДС со стоимости  проектно-изыскательских работ;
Дт 60 /Кт 68- удержан НДС  со  стоимости проектно-изыскательских работ (исполнение функций налогового агента);
Дт 60/Кт 51— перечислена оплата  Исполнителю (Украина) (за  минусом удержанного НДС);
Дт 68 /Кт 19- принят к вычету НДС, ранее начисленный налоговым агентом.

Хотим обратить Ваше внимание на то, что по общему правилу налоговый агент удерживает налог из доходов, перечисляемых иностранному контрагенту. В результате этого, Исполнитель проектно-изыскательских работ получает свой доход  за минусом удержанного налоговым агентом налога. В представленном Вами договоре удержание НДС не предусмотрено.  Учитывая изложенное, в представленный Контракт необходимо добавить положения относительно удержания НДС из средств, перечисляемых  Исполнителю; в противном случае, с Исполнителем работ могут возникнуть разногласия относительно оплаты стоимости работ.

НДС

В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 146 Налогового кодекса Российской Федерации объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации.
Порядок определения места реализации работ (услуг) в целях применения налога на добавленную стоимость установлен ст. 148 Кодекса.
Согласно пп. 4 п. 1 и пп. 4 п. 1.1 указанной ст. 148 Кодекса место реализации работ (услуг), в том числе инжиниринговых, услуг по подготовке строительства, предпроектных и проектных услуг определяется по месту деятельности покупателя таких услуг. При этом местом осуществления деятельности покупателя считается территория Российской Федерации в случае фактического присутствия покупателя  работ (услуг) на территории Российской Федерации на основе государственной регистрации, а при ее отсутствии на основании места, указанного в учредительных документах, места управления, места нахождения его постоянно действующего исполнительного органа, места нахождения постоянного представительства (если услуги оказываются через это постоянное представительство).
Таким образом, местом реализации проектных услуг, оказываемых иностранной организацией российской организации, признается территория Российской Федерации и такие услуги подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость на территории Российской Федерации.
В соответствии со ст. 161 Кодекса при реализации иностранным лицом, не состоящим на учете в российских налоговых органах, работ (услуг), местом реализации которых является территория Российской Федерации, налог на добавленную стоимость исчисляется и уплачивается в российский бюджет налоговым агентом, приобретающим данные услуги у иностранного лица. При этом согласно  п. 4 ст. 148 НК РФ документами, подтверждающими место оказания работ (услуг), являются контракт, заключенный с иностранным лицом, и документы, подтверждающие факт выполнения работ (акты оказания услуг, разработанная  проектно-сметная  документация).

Учитывая вышеизложенное,  при  выплате дохода ГП «Проектный  институт  Укрметротоннельпроект»  организация —  заказчик работ будет являться налоговым агентом.
Следовательно, организация-заказчик должна от имени иностранной организации выставить счет-фактуру (абз. 2 п. 3 ст. 168 НК РФ).
Срок составления счета-фактуры для лиц, которые признаются налоговыми агентами согласно п. 2 ст. 161 НК РФ, законодательством не установлен. Однако, по мнению контролирующих органов, счет-фактуру в одном экземпляре нужно выставить в течение пяти календарных дней считая со дня предварительной оплаты или оплаты принятых на учет товаров (работ, услуг). Иными словами, нужно применять общее правило, которое установлено абз. 1 п. 3 ст. 168 НК РФ для случаев реализации и получения предоплаты (Письмо ФНС России от 12.08.2009 N ШС-22-3/634@).
Указанное Письмо ФНС России относится к периоду действия прежних правил оформления счетов-фактур, предусмотренных Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914 (далее — Постановление N 914). Однако приведенные разъяснения актуальны и при оформлении счетов-фактур по новым правилам в соответствии с Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (далее — Постановление N 1137).
Счет-фактура заполняется в соответствии с правилами, которые предусмотрены для плательщиков НДС п. п. 5 и 6 ст. 169 НК РФ, но с учетом следующих особенностей (пп. «в» — «д», «з» п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, утвержденных Постановлением N 1137):
— в строках 2 и 2а счета-фактуры указываются соответственно полное или сокращенное наименование и место нахождения иностранца-продавца согласно договору, заключенному между вами и вашим иностранным контрагентом;
— в строке 2б ставится прочерк;
— в строке 5 отражаются номер и дата платежно-расчетного документа, подтверждающего оплату приобретенных товаров, либо в случае приобретения работ (услуг) — номер и дата платежно-расчетного документа, который свидетельствует о перечислении суммы налога в бюджет.
В остальном правила заполнения счетов-фактур налоговыми агентами, приобретающими товары (работы, услуги) у иностранцев, аналогичны общему порядку оформления счетов-фактур.
Счет-фактура подписывается налоговым агентом: руководителем и главным бухгалтером организации или уполномоченными лицами либо индивидуальным предпринимателем (п. 6 ст. 169 НК РФ).
Удержанные и перечисленные в бюджет суммы НДС отражаются как в книге продаж, так и в книге покупок (в случае, если налоговый агент имеет право на соответствующий налоговый вычет). Так, п. 23 разд. II «Правила ведения книги покупок, применяемой при расчетах по НДС» Постановления о документах, применяемых при расчетах по НДС установлено: в целях определения суммы НДС, предъявляемой к вычету, налоговые агенты, упомянутые в п. п. 2 и 3 ст. 161 НК РФ, регистрируют в книге покупок счета-фактуры, составленные и зарегистрированные в книге продаж (см. также п. 15 разд. II «Правила ведения книги продаж, применяемой при расчетах по НДС» документа).

Налог на доходы

Следует учитывать, что международным договором РФ, содержащим положения о налогообложении и сборах, могут быть установлены иные правила и нормы в отличие от предусмотренных НК РФ и принятых в соответствии с ним нормативных правовых актов о налогах и (или) сборах. Например, в ст. 7 Соглашения между Правительством РФ и Правительством Украины (от 08.02.1995 «Об избежании двойного налогообложения доходов и имущества и предотвращении уклонений от уплаты налогов» сказано, что прибыль предприятия одной из сторон Соглашения облагается налогом только у этой стороны, когда такое предприятие не открыло постоянное представительство на территории другой стороны. В таких случаях в силу ст. 7 НК РФ применяются правила и нормы международных договоров РФ.
Согласно п. 1 ст. 312 НК РФ при их применении иностранная организация должна представить налоговому агенту, выплачивающему доход, подтверждение того, что она имеет постоянное местонахождение в том государстве, с которым РФ имеет международный договор (соглашение), регулирующий вопросы налогообложения. Это подтверждение должно быть заверено компетентным органом иностранного государства. В случае если оно составлено на иностранном языке, налоговому агенту представляют его перевод на русский язык.
Налоговым кодексом до настоящего времени не установлено, какими документами можно подтвердить постоянное местопребывание в иностранном государстве. По этому вопросу чаще всего высказывались московские налоговики. В Письме УФНС по г. Москве от 16.08.2006 N 20-12/72974 «О порядке обложения налогом на прибыль иностранных компаний, осуществляющих свою деятельность в Российской Федерации через постоянные представительства» они рекомендовали обращаться к разъяснениям, приведенным в п. 5.3 разд. II Приказа МНС России N БГ-3-23/150 (от 28.03.2003 «Об утверждении Методических рекомендаций налоговым органам по применению отдельных положений главы 25 Налогового кодекса Российской Федерации, касающихся особенностей налогообложения прибыли (доходов) иностранных организаций»).  Подтверждающими документами могут являться справки, установленных внутренним законодательством иностранного государства или произвольной формы. Важно, чтобы в них содержалась следующая или аналогичная формулировка: «Подтверждается, что организация… (наименование)… является (являлась) в течение… (период) лицом с постоянным местопребыванием в… (государство) в смысле Соглашения (наименование международного договора) между Российской Федерацией/СССР и… (иностранное государство)».
В документе должен быть указан конкретный период (календарный год), в отношении которого подтверждается постоянное местопребывание, соответствующий тому периоду, за который причитаются выплачиваемые иностранной организации доходы. Как уточнили в своем Приказе налоговики, налоговому агенту представляется только одно подтверждение постоянного местонахождения иностранной организации за каждый календарный год выплаты доходов независимо от количества и регулярности таких выплат, видов выплачиваемых доходов и т.п., причем это может быть нотариально заверенная копия. Однако судьи в Постановлении ФАС СЗО от 11.08.2006 N А56-11108/2005 указали, что ст. 312 НК РФ не ограничены сроки действия подтверждений.
В подтверждении проставляются печать (штамп) компетентного (или уполномоченного им) органа иностранного государства и подпись уполномоченного должностного лица этого органа. Такие документы, как свидетельства о регистрации на территории иностранных государств (сертификаты об инкорпорации), выписки из торговых реестров и т.п., налоговая служба не рассматривает в качестве подтверждающих в целях налогообложения постоянное местонахождение организации в иностранном государстве.
Выданные документы подлежат легализации в установленном порядке либо на них должен быть проставлен апостиль. Как разъясняется в Приказе МНС России N БГ-3-23/150, апостиль — формальная процедура удостоверения подлинности подписи, качества, в котором выступало лицо, подписавшее документ, и, в надлежащем случае, подлинности печати и штампа, которыми скреплен этот документ, установленная Гаагской конвенцией 1961 г. (Конвенция, отменяющая требование легализации иностранных официальных документов (заключена в Гааге 05.10.1961, вступила в силу для России 31.05.1992)).
Под легализацией, в смысле указанной Конвенции, подразумевается также формальная процедура, используемая дипломатическими или консульскими агентами страны, на территории которой документ должен быть представлен, для удостоверения подлинности подписи, качества, в котором выступало лицо, подписавшее документ, и печати или штампа, которыми скреплен этот документ. Необходимость данных процедур подтверждена ВАС РФ в Постановлении от 28.06.2005 N 990/05.
В этом же Постановлении была подтверждена сложившаяся арбитражная практика, из которой следовало, что в случае отсутствия подтверждения, предусмотренного п. 1 ст. 312 НК РФ, налоговый агент обязан удержать налог из дохода, выплачиваемого иностранному юридическому лицу, и перечислить его в бюджет (см., например, Постановление ФАС МО от 13.10.2006 N КА-А40/10003-06). Минфином.

Следовательно,  организация- заказчик работ до выплаты доходов иностранному контрагенту должна запросить у него надлежащим образом оформленное подтверждение  о том, что украинская сторона (Исполнитель) имеет постоянное местонахождение в Украине. В этом случае налог на доходы будет уплачивать украинская сторона на территории своего государства.